■日本ルート
人間から鋼の乙女になった少女の成長物語！！
普通の人間だった「レイカ」は、姉のように慕っていた「ムサシ」と一緒にいる時、突如謎の黒い鋼の乙女に襲われ、瀕死の重傷を負う。目を覚ますと鋼の乙女になっていた。
行方不明になった姉のことを心配しながらも、鋼の乙女になった「レイカ」は戦場へ赴くが、 任務が上手くこなせず、また仲間たちには溶け込めずと、最初から前途多難。 そんな状況でも必死に頑張る「レイカ」だが、それはまだ始まりに過ぎなかった…。
■連合ルート
少女との出会いから始まる家族ごっこ！
真珠湾に滞在していた「マリーシアス」は日本軍の襲撃を受ける。「マリーシアス」は民間人をも襲う日本の鋼の乙女を撃破して、一人の少女「フォト」を救い、 その場に現れた「ベンデッタ」と共に日本軍を追い返すことに成功する。
そして戦いの後、「フォト」は二人の事を【 パパ 】と【 ママ 】と呼んだ…。こうして3人の家族ごっこが始まる。
■ドイツルート
鉄と血が融合する時、生まれるのは笑い？
騎士を模した勇ましい姿のイギリスの鋼の乙女と、冷却装置によって氷冷属性を自在に操るソ連の鋼の乙女。 虎のミミとシッポが生えたドイツの鋼の乙女「ティナ」はそんな彼らにバカにされながらも強そうに見えてしまい 何も言い返せずに、涙を堪えて逃げ帰る。
しかしその様子を見ていた「なんと不甲斐ない」といって叱りつける「ティナ」の総督「ビスマルク」は、 戦艦型の巨大な帽子をかぶって上を見上げる、「ティナ」よりも幼い鋼の乙女だった。
